La Biblioteca de la Universidad de Sevilla data, como la Institución a la que pertenece, de comienzos del siglo XVI. El origen de la Universidad está en el Colegio de Sta. María de Jesús, fundado por Maese Rodrigo Fernández de Santaella en 1505.

El germen de la Biblioteca fue el núcleo de libros primitivos donados por Fernández de Santaella, al cual se fueron uniendo donaciones y adquisiciones hechas con ayudas económicas de colegiales distinguidos. La formación de una colección bibliográfica propia se vio favorecida por la incorporación de las bibliotecas de Colegios de los Jesuitas y de la misma Casa Profesa de la Compañía.

Con posterioridad, se unirían bibliotecas pertenecientes a las demás órdenes religiosas establecidas en Sevilla y su provincia que se vieron afectadas por la Desamortización de Mendizábal. Donaciones posteriores de bibliotecas públicas o de particulares continuaron enriqueciendo los fondos bibliográficos de la Biblioteca hasta nuestros días.